Từ ngày ngày 7 tháng 5 năm 2012, ba nhà báo, gồm: Nguyễn Mạnh Thắng, Đặng Thị Kim Ngân và Bùi Hữu Phước (tức Hữu Nguyên) đã gửi đơn tới Ủy ban trung ương Mặt trận Tổ quốc Việt Nam tố cáo ông Đinh Đức Lập, tổng biên tập và một số thành viên trong ban biên tập của báo Đại Đoàn Kết. Nội dung tố cáo liên quan đến bán tài sản công, tự ý bán trụ sở văn phòng báo tại Đà Nẵng cho công ty tư nhân, sai phạm trong công tác tổ chức cán bộ, vi phạm nguyên tắc Đảng..[15]

Phản ứng trước các tố cáo này, Tổng biên tập Đinh Đức Lập cùng các thành viên hội đồng họp xét kỷ luật báo Đại Đoàn Kết đã quyết định kỷ luật buộc thôi việc cả ba nhà báo.

Ngay sau quyết định kỷ luật các nhà báo, Công đoàn cơ sở Ban công tác phía Nam (Công đoàn cơ quan trung ương Mặt trận Tổ quốc Việt Nam) đã kết luận việc kỷ luật các nhà báo có nhiều sai phạm, liên quan đến Luật Tố cáo 2012, Luật viên chức 2010, Nghị định 27/2012/NĐ-CP của Chính phủ.[16]